Muižnieks izglītību ieguvis Grenobles universitātē Francijā, Monterejas Starptautisko attiecību institūtā, Rietumu Mičiganas universitātē, Prinstonas universitātē ASV un Berklijas universitātē Kalifornijā, ASV.

Pirms apstiprināšanas ministra amatā Muižniek s bija Latvijas Cilvēktiesību un etnisko studiju centra direktors. Viņš bijis ANO Attīstības programmas nacionālais koordinators, "Sorosa fonda-Latvija" programmas direktors, lektors Latvijas Universitātē un Kalifornijas universitātē.

Pēdējā laikā vairāki valdošās koalīcijas pārstāvji pauduši neapmierinātību ar Muižnieka darbu, bet atsevišķi politiķi pat ierosinājuši taupības nolūkos likvidēt integrācijas ministra amatu. Muižnieks tam kategoriski iebilst.